I. 背景 | |
hCov-HKU1于2005年在香港發(fā)現(xiàn),是上呼吸道和下呼吸道自限性感染的常見原因,最常見于幼兒。沒有實驗室診斷,通常通過呼吸道樣品的逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈反應(yīng)(RT-PCR),HCoV-HKU1呼吸道感染無法與其他呼吸道病毒引起的感染區(qū)分開。治療應(yīng)具有癥狀且符合支持病毒性呼吸道感染的一般指南。
根據(jù)CDC和WHO的介紹,針對 hCov-HKU1的核酸診斷一般是針對RdRP (RNA-dependent RNA polymerase)、Gene N和Gene E, Gene S更多用于對應(yīng)藥物和疫苗的開發(fā)。NCBI收錄序列為KF686346,全長29982,基因編碼5個結(jié)構(gòu)蛋白:S,M,N,HE和E。 以往針對試劑盒檢測限的性能評價,一般是選擇體外轉(zhuǎn)錄的RNA、或者臨床陽性病毒來作為標準品,用于性能評價。但是兩者都具有很明顯的確定,首先體外轉(zhuǎn)錄的RNA,一般是很純,單一,不涉及提取,不符合臨床病毒的微環(huán)境,因此必然造成檢測靈敏度被高估,這也是存在高概率假陰性的主要原因;再次臨床陽性病毒,即使是滅活的病毒,也是存在很大的生物安全隱患,因此要求實驗室級別為P3-P4,大部分開發(fā)診斷試劑盒單位都不滿足改要求,另外臨床陽性病毒也是來源很有限,不能被穩(wěn)定供應(yīng),反復(fù)用于試劑盒的性能評價。 |
|
II.產(chǎn)品描述 | |
有病毒的完整包膜結(jié)構(gòu),有HCoV-HKU1對應(yīng)的核酸序列,但是生物安全風險較低的假病毒標準品,完美的克服了選擇體外轉(zhuǎn)錄的RNA、或者臨床陽性病毒來作為標準品的缺點,非常適合用于核酸診斷性能評價的標準品。 構(gòu)建過程:HCoV-HKU1基因合成→假病毒包裝→純化→QC檢測(ddPCR) |
|
III. 產(chǎn)品介紹 | |
產(chǎn)品名稱: | hCov-HKU1-ORF1ab/RdRP Pseudovirus Standard Reference |
對應(yīng)序列(詳情見附錄): |
ORF1ab/RdRP(2783bp)、Gene N(1326bp) |
產(chǎn)品規(guī)格: | 1ml |
拷貝數(shù): | |
生物安全級別: | P2 |
運輸與保存方式: | 干冰運輸,-90 ~ -70°C保存 |
有效期: | |
IV. 產(chǎn)品用途與優(yōu)勢 | |
產(chǎn)品用途: | HCoV-HKU1診斷試劑盒性能評價 |
產(chǎn)品優(yōu)勢: | • HCoV-HKU1的假病毒標準品,區(qū)別于以往體外合成的RNA、臨床陽性活病毒,完美克服兩者的缺點,真正適合用于試劑盒的性能評價,包含檢測限、特異性,重復(fù)性等;
• 根據(jù)HCoV-HKU1冠狀病毒的特點,選取了ORF1ab/RdRP(RNA-dependent RNA polymerase)、Gene N(nucleocapsid phosphoprotein)合計2個區(qū)段的序列,用于假病毒的包裝,2個區(qū)段很好的表征了HCoV-HKU1的特征序列; • 科佰生物設(shè)計了ddPCR體系的引物、探針序列,可不需要構(gòu)建標準曲線的前提下完成對假病毒的QC拷貝數(shù)檢測,非常準確表征標準品的拷貝數(shù),而且克服了Q-PCR分析CT值的相對判斷標準的不準確性; • 假病毒標準品,無致病性,可再生,質(zhì)控方法可靠,批次間穩(wěn)定,可以長期穩(wěn)定制備和供應(yīng),而且要求實驗室生物安全級別為P2,滿足很多單位的安全需求。 |
Ⅴ. 附錄 | |
ORF1ab/RdRP: TCTAAAGATTTAAATTTTTTAAACGGGTTCGGGGTACTAGTGTGAATGCCCGGCTAGTACCCTGTGCTAGTGGTTTATCTACTGATGTTCAATTAAGGGCATTTGATATTTGTAATACCAATA GAGCTGGTATAGGTTTATATTATAAAGTGAATTGTTGCCGTTTTCAGCGTATAGATGACGACGGTAATAAATTGGATAAGTTCTTTGTTGTCAAAAGAACTAATTTAGAAGTTTATAATAAAG AGAAAACTTATTATGAGTTGACTAAAAGTTGTGGTGTTGTGGCTGAACATGATTTCTTTACATTTGATATTGATGGTAGTCGCGTGCCACATATAGTTCGTAGGAATCTTTCAAAGTATACTA TGTTAGATCTTTGCTATGCATTGCGTCATTTTGATCGTAATGATTGTTCAATATTGTGTGAAATTCTTTGTGAGTATGCTGATTGTAAAGAATCCTACTTTTCTAAGAAAGATTGGTATGATT TTGTTGAAAATCCTGATATTATTAATATATATAAAAAATTAGGCCCTATTTTTAATAGAGCTTTACTTAATACTGTCATTTTTGCAGACACCTTAGTTGAAGTAGGTTTAGTTGGTGTTTTAA CTTTAGATAACCAAGATTTGTATGGTCAATGGTATGATTTTGGTGATTTTATACAAACAGCCCCAGGATTTGGTGTGGCAGTCGCAGATTCTTACTATTCTTATATGATGCCTATGTTGACTA TGTGTCATGTATTAGATTGTGAATTATTTGTTAATGATAGTTATAGACAATTCGATCTTGTGCAGTATGATTTTACTGATTACAAGTTAGAGTTGTTTAATAAGTATTTTAAGTATTGGGGTA TGAAGTATCATCCTAATACTGTGGATTGTGATAATGATAGGTGTATTATTCATTGTGCTAATTTTAATATACTATTTAGTATGGTTTTACCTAATACTTGTTTTGGTCCCCTTGTTAGACAAA TTTTTGTAGATGGTGTACCGTTTGTTGTTTCTATTGGTTACCATTACAAAGAGTTAGGTGTAGTTATGAACTTAGATGTTGACACACACCGTTATCGTTTGTCTCTTAAAGATTTACTTCTTT ATGCAGCAGATCCTGCTATGCATGTTGCATCTGCTAGTGCTCTGCTTGATTTACGAACTTGTTGTTTTAGTGTAGCTGCCATTACAAGTGGTATAAAATTTCAAACTGTAAAACCAGGTAACT TTAACCAAGACTTTTACGAGTTTGTTAAAAGTAAAGGCTTGTTTAAAGAGGGTAGTACAGTTGATTTGAAACATTTTTTCTTTACTCAAGATGGTAATGCTGCAATTACTGATTATAATTATT ATAAGTATAATTTACCTACTATGGTTGATATTAAGCAGTTATTGTTTGTATTAGAAGTTGTTTATAAATATTTTGAAATTTATGATGGTGGTTGTATACCAGCATCACAAGTTATTGTTAATA ATTATGATAAAAGTGCTGGTTATCCATTTAATAAATTTGGTAAAGCCAGACTTTATTATGAGGCATTATCATTTGAAGAACAGAATGAAATTTATGCATATACTAAACGTAATGTTCTGCCCA CCTTAACTCAAATGAATTTAAAATATGCTATCAGTGCTAAGAATAGAGCTCGCACTGTAGCAGGTGTTTCTATTCTTAGTACTATGACAGGCCGAATGTTCCATCAAAAATGTTTGAAGAGTA TAGCAGCTACCCGAGGTGTTCCTGTTGTTATAGGAACCACTAAATTTTATGGTGGTTGGGACGATATGTTACGTCATCTTATAAAGGATGTTGACAACCCTGTTCTTATGGGTTGGGATTATC CTAAATGTGATCGTGCTATGCCAAATATTTTGCGTATTGTTAGTAGTTTAGTTTTGGCCCGCAAACATGAATTTTGTTGTTCACATGGTGATAGATTTTATCGCCTTGCGAATGAATGTGCTC AAGTTTTGAGTGAAATAGTTATGTGTGGCGGTTGCTATTATGTTAAGCCTGGTGGTACTAGCAGTGGTGATGCAACTACTGCTTTTGCTAATTCTGTTTTTAATATATGTCAGGCTGTTACTG CTAACGTTTGTTCTCTTATGGCCTGTAATGGCCATAAGATTGAAGATTTAAGTATACGCAATTTACAAAAACGCTTATACTCTAATGTTTATCGTACAGATTATGTTGATTATACATTTGTTA ATGAGTATTATGAATTTTTATGTAAGCATTTTAGTATGATGATTTTGAGTGATGATGGTGTTGTCTGTTATAACTCTGATTATGCTAGTAAGGGTTATATAGCTAATATAAGTGTTTTTCAAC AAGTTTTGTACTATCAGAATAATGTTTTTATGTCTGAATCTAAATGTTGGGTTGAAAATGATATTACTAATGGTCCTCATGAATTTTGTTCCCAACATACTATGTTGGTTAAGATAGATGGTG ATTATGTTTATTTACCATATCCAGATCCTTCTAGAATTCTAGGAGCTGGTTGTTTTGTTGATGATTTATTGAAGACTGACAGTGTTCTTTTGATAGAGCGCTTTGTAAGTCTAGCTATAGATG CTTACCCTTTAGTATATCATGAAAATGAAGAATACCAAAAAGTCTTTCGTGTATATTTAGAATATATAAAAAAACTGTATAATGATCTTGGTACTCAGATCTTAGATAGTTATAGTGTTATTT TAAGTACTTGTGATGGTTTAAAGTTTACTGAAGAATCATTTTACAAGAATATGTATTTAAAAAGTGCCGTGATGCAG
Gene N: ATGTCTTATACTCCCGGTCATTATGCTGGAAGTAGAAGCTCCTCTGGAAATCGTTCAGGAATCCTCAAGAAAACTTCTTGGGCTGACCAATCTGAGCGAAATTACCAAACCTTTAATAGAGG CAGAAAAACCCAACCTAAATTCACTGTGTCTACTCAACCACAAGGAAATACTATCCCACATTATTCCTGGTTCTCCGGGATCACTCAATTTCAAAAAGGTAGAGACTTTAAATTTTCAGATG GTCAAGGAGTTCCCATTGCTTTCGGAGTCCCCCCTTCTGAAGCAAAAGGATATTGGTATAGACACAGCCGGCGTTCTTTTAAAACAGCTGATGGTCAACAAAAGCAGTTGTTACCGAGATGG TATTTCTACTATCTCGGTACCGGCCCATATGCCAATGCATCCTATGGTGAATCCCTCGAAGGGGTCTTCTGGGTTGCTAATCACCAAGCTGACACTTCTACTCCCTCCGATGTTTCGTCAAG GGATCCTACTACTCAAGAAGCTATCCCTACTAGGTTTCCGCCTGGTACGATTTTGCCTCAAGGCTATTATGTTGAAGGCTCAGGAAGGTCTGCTTCTAATAGTCGACCAGGTTCACGTTCTC AATCACGTGGACCCAATACTCGTTCATTAAGTAGAAGTAATTCTAATTTTAGACATTCAGATTCTATAGTAAAACCTGATATGGCTGATGAGATCGCTAATCTTGTTTTAGCCAAGCTTGGT AAAGATTCTAAACCTCAGCAAGTCACTAAGCAAAATGCCAAGGAAATCAGGCATAAAATTTTAACTAAACCTCGCCAAAAGCGAACTCCTAATAAACATTGTAATGTTCAACAGTGTTTTGG TAAAAGAGGACCTTCTCAAAACTTTGGTAATGCTGAAATGTTAAAGCTTGGTACTAATGATCCTCAGTTTCCTATTCTTGCAGAATTAGCTCCTACACCAGGTGCTTTTTTCTTTGGTTCTA AATTAGAGTTGGTTAAAAGAGAGTCCGAGGCTGACTCACCTGTTAAAGATGTTTTTGAACTTCGTTATTCTGGTTCTATTAGGTTTGATAGTACTTTACCTGGTTTTGAGACAATTATGAAA GTTCTTAAAGAGAATTTAGATGCTTATGTTAATTCTAATCAGAACACTGTTTCTGGTTCGCTGAGTCCTAAACCTCAGCGTAAAAGAGGTGTTAAACAATCACCTGAATTGTTTGACTCTCT TAATTTAAGTGCTGATACTCAGCACATTTCAAATGATTTTACTCCTGAGGATCATAGTTTACTTGCTACTCTTGATGATCCTTATGTAGAAGACTCTGTTGCTTAA |